La maggior parte dei problemi peggiori (blocco del computer, perdita di dati) sono causati da virus o Worm; chiamati anche malware (software maligno) che ricevuti tramite e-mail, o trovati all'interno di CD o floppy una volta aperti si insidiano nel computer e mettono in azione le loro operazioni distruttive.
La maggior parte di questi si riproduce automaticamente mandando se stesso a tutte le persone della vostra rubrica tramite una e-mail; i vostri amici ricevendo un messaggio dal vostro indirizzo potrebbero essere tratti in inganno con il rischio di rimanere infettati a loro volta.

Un'altro tipo di problema che è andato crescendo negli ultimi tempi è quello dei controlli ActiveX maligni. I controlli ActiveX vengono utilizzati da Internet Explorer per offrire funzioni interattive agli utenti di Internet. Alcuni siti però stanno utilizzando tali funzionalità per installare spyware e dialer. Spesso una volta partiti, questi programmi modificano alcuni parametri del computer, come il numero per il collegamento ad Internet (impostandone uno a prezzo maggiorato) oppure aprono continuamente finestre pubblicitarie, modificano la pagina iniziale di Internet Explorer e mettendo la propria.
Spesso questi piccoli programmini sono molto più fastidiosi e difficili da eliminare rispetto i virus, perché ne vengono create molte varietà.

Infine un altro aspetto da tenere in considerazione è quello della privacy; già da molto tempo tutti i siti Internet utilizzano la tecnologia dei cookie, i cookie sono dei piccoli file di testo contenute all'interno di Internet Explorer che tengono traccia dei siti visitati. Questi file possono essere utilizzati dai siti di pubblicità per capire quali sono le tendenze di un utente e quindi visualizzare la pubblicità appropriata.